Es de capital importancia para la célula poder transportar moléculas hacia afuera y adentro de ella misma. En la practica , para una proteína de membrana de estructura conocida, estos agujeros solo son lo suficientemente grandes para dejar pasar por la membrana plasmática moléculas pequeñas tales como H+, K+ o Na+.
Estos iones pueden pasar por el orificio por difusión pasiva, en cuyo caso la proteína que permite el paso conforma un "canal iónico". En otros casos la proteína de membrana necesita invertir energía (generalmente derivada de ATP), para forzar el paso del ion de un lado al otro de la membrana, en ese caso conforma una "bomba de iones".
Dado la importancia del transporte a través de la membrana la célula utiliza un gran numero de mecanismos de transporte. Estos mecanismos caen dentro de una de estas tres categorías: difusión simple, difusión facilitada, y transporte activo.
